Również król Prus Fryderyk II Wielki rozważał budowę kanału, gdy po I rozbiorze Polski w 1772 roku Elbląg przyłączono do Prus, lecz Gdańsk pozostał przy Polsce. Król chciał, aby Elbląg stał się poważnym konkurentem miasta nad Motławą. Po jego śmierci w 1786 roku i po II rozbiorze w 1793 roku Gdańsk również przyłączono do Prus, a tym samym budowa kanału stała się bezcelowaDurchstich zur Freiheit. Von A bis Z, Radiodienst Polska, 29.08.2019 [dostęp 2020-04-05]..
Z propozycją budowy kanału wystąpił w 1945 roku Eugeniusz Kwiatkowski, przedwojenny wicepremier, bezpośrednio po II wojnie światowej Delegat Rządu dla spraw Wybrzeża. W latach 70. i 80. XX wieku inż. Henryk Pietrowicz opracował projekt przekopu wraz z budową grobli przedzielającej zalew na dwa akwenyHenryk Mąka, Neptun otwiera podwoje, Alfa, Warszawa, 1987, s. 180–181, 183, ..
Decyzja o realizacji tego projektu została ogłoszona przez premiera Jarosława Kaczyńskiego 10 listopada 2006 w Elblągu, tuż przed wyborami samorządowymi, jako efekt rozmów z tamtejszymi aktywistami.