Rozgrywki w Monte Carlo zakończył na III rundzie. W Barcelonie awansował do ćwierćfinału, ale w meczu o półfinał nie podjął walki z Rafaelem Nadalem, oddając go walkowerem. Nalbandian doznał kontuzji, która okazała się na tyle poważna, że wykluczyła go z gry praktycznie do końca sezonu. Późną wiosną przeszedł operację prawego biodra i powrót do gry zapowiedział w sezonie 2010.
Sezon zakończył na 64. miejscu w rankingu ATP.
Sezon 2010 thumb|200px|Nalbandian na kortach US Open, 2010