Budowa napotkała jednak na opóźnienia spowodowane wydłużonym procesem relokacji zabytkowego asortymentu (40 pojazdów szynowych) mieszczącej się w tym miejscu Stacji Muzeum. Proces relokacji obejmował przeniesienie zabytków na równoległe tory, znajdujące się bliżej siedziby muzeum. W 2020 r. w miejscu robót rozpoczęły się budowy nad wiaduktem, który umożliwi bezkolizyjny przejazd nad linią średnicową. thumb|Pierwszy pociąg na odbudowanej stacji thumb|Peron stacji Na początku czerwca 2020 roku PKP PLK podpisały dodatkową umowę z Trakcją PRKiI na budowę nowego wiaduktu kolejowego nad dalekobieżną linią średnicową, który umożliwi bezkolizyjny przejazd pociągów między Warszawą Główną a linią podmiejską. Projektantem odbudowy został Torprojekt Sp. z o.o. Ostatecznie otwarcie stacji dla podróżnych (oprócz kładki pieszo-rowerowej po stronie zachodniej stacji mającej połączyć Ochotę i Wolę, gdzie roboty będą jeszcze trwały) zaplanowano na 14 marca 2021.
Z nowej stacji mają odjeżdżać pociągi w kierunku Łowicza, Sochaczewa, Dobieszyna, Skierniewic oraz Łodzi Fabrycznej. Stacja ma być również wykorzystana podczas remontu linii średnicowej jako końcowa dla pociągów dalekobieżnych.