Przed I wojną światową odbywały się dysputy filozoficzne – dwa razy w roku.
Po II wojnie światowej wprowadzono seminaria dla studentów teologii, którzy uczestnicząc w tych zajęciach zobowiązani byli napisać pracę dyplomową. Był to warunek dopuszczenia do końcowego egzaminu "ex universa theologia" i święceń kapłańskich.
Od 1981 roku kiedy to studium stało się filią Papieskiej Akademii Teologicznej, klerycy pisząc pracę uzyskują magistra tejże uczelni. Obok formacji duchowej i intelektualnej klerycy seminarium krakowskiego angażowali się w pracę różnych grup: od 1918 r. istnieje w seminarium koło MI (Rycerstwa Niepokalanej) założone przez św. Maksymiliana Kolbe. Jego organem jest "Bratni Zew", czasopismo, które zaczęło się ukazywać w 1936 r., Bracia klerycy rozpoczęli działalność duszpasterstwa niewidomych i katechezy dzieci specjalnej troski. W 1968 r. w seminarium w Łodzi – Łagiewnikach powstał zespół Fioretti, który w następnym roku, wskutek połączenia seminariów przeniósł się do Krakowa i tu działa do dziś. W 1981 r. powstał Ruch Ekologiczny św. Franciszka z Asyżu (REFA). W 1980 powstał franciszkański zespół twórców CRAS, który skupiał młodych poetów z trzech rodzin franciszkańskich.
W 2006 roku seminarium przyjęło imię św. Maksymiliana M.