Brał również udział w Pucharze Narodów Afryki w 2008 i 2010 roku. W turnieju, który odbył się w Ghanie (2008) dotarł z reprezentacją do ćwierćfinału, natomiast w wygranym 2:0 meczu fazy grupowej z Beninem strzelił gola. Dwa lata później w Angoli kadra Nigerii zajęła trzecie miejsce, a Mikel w serii rzutów karnych ćwierćfinałowego meczu z Zambią zdobył bramkę. Kontuzja wykluczyła go z występu w mistrzostwach świata w Republice Południowej Afryki (2010). W roku 2013 wygrał Puchar Narodów Afryki, pokonując w finale reprezentację Burkina Faso 1-0.
30 czerwca 2019 rozegrał ostatni mecz dla reprezentacji Nigerii w fazie grupowej w Pucharze Narodów Afryki, przeciwko reprezentacji Madagaskaru. Mecz zakończył się wynikiem 2:0 na korzyść Madagaskaru.
Po Pucharze Narodów Afryki John Obi Mikel zakończył reprezentacyjną karierę.
Sukcesy Chelsea Premier League: 2009/2010, 2014/2015 Puchar Anglii: 2006/2007, 2008/2009, 2009/2010, 2011/2012 Puchar Ligi: 2006/2007, 2014/2015 Tarcza Wspólnoty: 2009 Liga Mistrzów: 2011/2012 Liga Europy: 2012/2013
Reprezentacyjne Puchar Narodów Afryki: 2013 3. miejsce w Pucharze Narodów Afryki: 2006, 2010, 2019 3.