z jego inicjatywy wnętrze kościoła w Liptovskich Sliačach otrzymało dekorację malarską autorstwa Jozefa Hanuli, a w 1898 w kościele wybudowano chór muzyczny. W 1897 został redaktorem pisma Ľudove noviny, wydawanego w Rużomberku, które to stanowisko zajmował do 1901. W 1898 startował bez powodzenia w wyborach z ramienia partii ludowej; w 1901 opuścił jej szeregi. Od 1905 był proboszczem w Martinie, gdzie prowadził działalność polityczną, opowiadając się za katolicką partią Węgier (Katolikus Néppárt).
W tym samym roku zwołał w Rużomberku zjazd, na którym powstała Słowacka Partia Ludowa – słowacka partia polityczna; ks. Hlinka był jej współzałożycielem. W 1906 za „podburzanie narodu” został skazany na karę grzywny i więzienia, którą odbył w Segedynie w latach 1907–1910. Po opuszczeniu więzienia wrócił do Rużomberku. W tym samym czasie został zawieszony w czynnościach kapłańskich z powodu oskarżenia o zdradę, skierowanego do biskupa Sándora Párvy’ego przez węgierską partię ludową. W 1909 sąd papieski uznał to zawieszenie za bezzasadne. Podczas I wojny światowej ks. Hlinka głośno opowiadał się za autonomią Słowacji.