Po wojnie, w czasie pobytu w Warszawie, Stanisław Bareja ukończył Gimnazjum im. Tadeusza Reytana i w 1946 roku uzyskał w nim tzw. małą maturę. Od 1947 roku mieszkał w Jeleniej Górze, gdzie uczęszczał do I Liceum Ogólnokształcącego im. Stefana Żeromskiego, które ukończył w 1949 roku . W tym czasie prowadził dziennik, w którym zapisywał tytuły przeczytanych książek oraz obejrzanych spektakli i filmów, przy których dopisywał czasami własne oceny. W roku ukończenia liceum podjął studia w Państwowej Wyższej Szkole Filmowej w Łodzi na Wydziale Reżyserii. Na studiach należał do nieformalnej grupy przyjaciół określanej „Kolektywem”, do której należeli również Jan Łomnicki, Janusz Weychert, Janusz Morgenstern, Lech Lorentowicz i Kazimierz Kutz. W „Kolektywie” dzielili się ze sobą literaturą, w tym niedostępną w oficjalnym obiegu, i wspólnie oglądali filmy, które nie były dostępne w kinach. Studia ukończył w 1954, lecz nie złożył egzaminu końcowego. Zaraz po studiach był asystentem reżysera Jana Rybkowskiego, grywał epizodyczne role w filmach i tworzył także krótkie filmy reklamowe.