Następnie rozpoczął starania o habilitację pod okiem Henricha Rickerta, którą uzyskał w 1915 roku, również na Uniwersytecie we Fryburgu. thumb|Heidegger (1920) W 1916 roku został asystentem Edmunda Husserla na Uniwersytecie we Fryburgu, gdzie pracował na stanowisku docenta prywatnego. Po kilku próbach, w 1923 roku uzyskał etat profesorski na Uniwersytecie w Marburgu, pracował tam do 1928 roku. W 1927 roku opublikował Bycie i czas, które szybko przyniosło mu uznanie. Dzięki czemu, po przejściu na emeryturę Husserla uzyskał katedrę profesorską na Uniwersytecie we Fryburgu zastępując swojego mistrza. Został rektorem Uniwersytetu we Fryburgu 23 kwietnia 1933 roku, był nim jednak tylko przez rok, po czym podał się do dymisji.
Po zakończeniu II wojny światowej prowadzono do 1949 roku wobec Heideggera postępowania denazyfikacyjne. Został zawieszony na Uniwersytecie ze względu na swoje powiązania z nazizmem i otrzymał zakaz prowadzenia publicznych wykładów, poza tym nie spotkały go żadne konsekwencje karne. Prowadził w tym okresie prywatne lekcje oraz okazjonalnie występował publicznie. Z czasem wrócił do wykładania, po przejściu na emeryturę w 1951 roku pozostał związany z Uniwersytetem we Fryburgu jako profesor emerytowany. Zajmował się wtedy pisaniem oraz porządkowaniem swojego dorobku.