Upamiętnienie Prace artysty oglądać można w australijskich oraz zagranicznych zbiorach państwowych i prywatnych. W lutym 2008 archiwum prac Ostoi-Kotkowskiego na Uniwersytecie w Melbourne i w Stanowej Bibliotece Południowej Australii, zostało wpisane do projektu UNESCO Memory of the World register for Australia, którego celem jest gromadzenie najbardziej wartościowych dokumentów obrazujących historię świata. Archiwum na University of Melbourne zawiera różnorodne formy sztuki polskiego artysty: zapisy wykładów, programy, fotografie, slajdy, pokazy laserowe, modele rzeźb, rzeźby. Do Stanowej Biblioteki Południowej Australii została przekazana większość dokumentacji archiwalnej Ostoi-Kotkowskiego z domu, w którym mieszkał oraz z dwóch pracowni. W Polsce dokumentację życia i działalności artystycznej Stanisława Ostoi-Kotkowskiego prowadzą Muzeum Historyczne w Przasnyszu, Muzeum Narodowe w Warszawie oraz rodzina artysty. Jego imię od 1996 nosi jedna z przasnyskich ulic. 6 grudnia 2006 podczas sympozjum Laser jako medium w sztuce współczesnej imię Ostoi-Kotkowskiego otrzymał również Miejski Dom Kultury w Przasnyszu. Od 2007 odbywają się w Przasnyszu Przeglądy Sztuki Współczesnej im. Stanisława Ostoi-Kotkowskiego. Radni Sejmiku Województwa Mazowieckiego ogłosili rok 2012 rokiem Stanisława Ostoi-Kotkowskiego. W 2019 r.