W latach 2011–2015 Instytut realizował program wieloletni pt. „Wspieranie działań w zakresie kształtowania środowiska rolniczego i zrównoważonego rozwoju produkcji rolniczej w Polsce”, ustanowiony przez Radę Ministrów. Obecnie IUNG-PIB realizuje program wieloletni pod nazwą „Wspieranie działań w zakresie ochrony i racjonalnego wykorzystania rolniczej przestrzeni produkcyjnej w Polsce oraz kształtowania jakości surowców roślinnych” ustanowiony na lata 2016–2020 na mocy Uchwały 223/2015 Rady Ministrów z dnia 15 grudnia 2015 r.
IUNG-PIB jest koordynatorem programu wieloletniego pn. „Zwiększenie wykorzystania krajowego białka paszowego dla produkcji wysokiej jakości produktów zwierzęcych w warunkach zrównoważonego rozwoju”, ustanowionego na lata 2016–2020. Ponadto pracownicy Instytutu uczestniczą w realizacji programu wieloletniego dotyczącego postępu biologicznego i ochrony zasobów genowych, koordynowanego przez Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin – PIB w Radzikowie.
Instytut dysponuje nowoczesną bazą laboratoryjną, wzbogaconą o oddane do użytku w roku 2015 Innowacyjno-Naukowe Centrum Badań Rolniczych, w którym zgrupowane są wszystkie laboratoria i nowoczesna aparatura.