Stamtąd 21 stycznia 1945 został wywieziony przez NKWD wraz z żoną i córkami Anną i Marią do ZSRR – najpierw do Moskwy na Łubiankę, a później do obozu dla internowanych w Krasnogorsku pod Moskwą. Tam przebywał do września 1947, skąd 12 października 1947 przyjechał do Warszawy, ale jeszcze przez trzy tygodnie od powrotu był przetrzymywany przez Urząd Bezpieczeństwa PublicznegoAnna Herbich Dziewczyny z Powstania, Znak Horyzont, Kraków 2014, s. 162–172..
Swych dóbr ziemskich został pozbawiony już 13 września 1944 z mocy dekretu o przeprowadzeniu reformy rolnej. Z przedwojennych 3000 ha klucza wilanowskiego w lutym 1945 pod zarząd państwowy przejęto niespełna 1000 ha (co świadczy o skali przedwojennych parcelacji i wyprzedaży). Zbiory muzealne zostały przejęte 28 stycznia 1945 przez Muzeum Narodowe w Warszawie, które w pierwszym rzędzie zajęło się ich zabezpieczeniem i rewindykacją (w pałacu po wojnie pozostała 1/5 ich przedwojennego stanu). Obecnie właścicielem zbiorów jest Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie, wydzielone w 1995 z Muzeum Narodowego.
Adam Branicki, osłabiony chorobą płuc po przesłuchaniach przez polski komunistyczny Urząd Bezpieczeństwa Publicznego, zmarł 2 grudnia 1947 roku w szpitalu w Otwocku.