Pod władzą Wenecji nastąpiły niemal cztery stulecia względnego pokoju, z krótką, ale krwawą, przerwą (1509–1516) w trakcie wojny Ligi w Cambrai, kiedy miasto było zajęte przez oddziały cesarskie. W tym też czasie Werona zaczęła tracić na znaczeniu politycznym i gospodarczym. W 1630 przez miasto przeszła epidemia dżumy.
W 1796 roku miasto zostało zdobyte przez armię Napoleona, który w 1797 oddał je Austriakom podczas traktatu Campo Formio po odważnym buncie antyfrancuskim (Werońska Wielkanoc). Wraz z kolejnym traktatem w Lunéville (1801) Werona została podzielona na pół, wzdłuż biegu rzeki Adygi: prawa część trafiła do Francuzów, lewa (którą Francuzi nazywali pogardliwie Veronette) do Austriaków. Taka sytuacja utrzymywała się aż do 1805 roku, kiedy ci ostatni odstąpili całą Wenecję Euganejską Francji.
Wraz z kongresem wiedeńskim (1815) Werona została trwale związana z Austrią i stan ten utrzymywał się aż do 1866 roku. Miasto stało się strategicznie najważniejszym wierzchołkiem Czworokątu Fortyfikacji, obszaru wielkiej wagi dla wojsk Habsburgów. Miał on tymczasowo zastępować państwo buforowe przeciwko atakom Królestwa Sardynii, które dążyło do zdobycia Królestwa Lombardzko-Weneckiego, należącego do Austrii. W 1822 roku odbył się czwarty kongres Świętego Przymierza.