Jesienią 1937 roku Naujocks został przeniesiony do służb wywiadu zagranicznego. Wiosną 1938 awansował na stopień Sturmbannführer (odpowiednik majora). Przypuszcza się, że miało to związek z nadchodzącą aneksją Czechosłowacji. Jego nazwisko znajduje się na liście kandydatów do uhonorowania Medalem Pamiątkowym 13 marca 1938 roku. W 1974 roku były dowódca SD Wilhelm Höttel zeznawał, że Naujock zaliczał się do grona 40-60 osób tworzących grupę operacyjną SD ”Einsatzkommando Österreich”. Jesienią 1939 roku Naujock został jednym z dziewięciu kierowników zespołu wywiadu zagranicznego. Do jego zadań należało zajmowanie się sprawami związanymi z techniką. Jego wydział o nazwie Departament VI 57J „zdobywanie i przekazywanie informacji” (wydział ten w przyszłości wielokrotnie zmieniał swoją nazwę). W lutym 1940 wydział nazywał się już VI B, a jakiś czas później VI F i nazwa ta zachowała się do jego zamknięcia. Zadaniami wydziału było szyfrowanie i rozszyfrowywanie wiadomości, przesyłanie informacji przy użyciu środków chemicznych i urządzeń technicznych oraz zagraniczny nadzór telekomunikacyjny. Od czasu odejścia z SD Naujocks brał udział w wielu zadaniach specjalnych będąc jednocześnie kierownikiem grupy technicznej.