Z Turcji udał się do Londynu, gdzie wydał swoją pracę Polacy w Turcji. W latach 1860–1864 przebywał w Paryżu. Tam rozwinął bardzo aktywną działalność publicystyczną, podważając podstawy panslawizmu, w wydaniu rządu rosyjskiego. Został wiceprezesem Francuskiego Towarzystwa Etnograficznego, był też wybrany na członka wielu francuskich towarzystw naukowych (antropologicznego, geograficznego i azjatyckiego). Dzięki swoim wpływom w środowisku naukowym doprowadził do wyłączenia z francuskich programów szkolnych historii Rusi jako części historii Wielkiego Księstwa Moskiewskiego. Wykładał historię w polskiej szkole na Montparnasse.
W 1871 na skutek zbliżenia Francji i Rosji, zmuszony był osiedlić się w Szwajcarii, w Argowii. Tam redagował Révue historique, éthnographique et statistique, jedno z najważniejszych pism światowej etnologii. W 1872 został konserwatorem Muzeum Narodowego Polskiego w Rapperswilu. Dwukrotnie przebywał w Galicji, gdzie w 1875 w Krakowie założył Przegląd Etnograficzny.
Pochowany został na cmentarzu w podparyskim MontmorencyMaria Czapska „Franciszek Henryk Duchiński”, hasło w Polskim Słowniku Biograficznym t. V s.