W latach 1911–1921 pełnił funkcję profesora na Uniwersytecie Komazawa.
Ponieważ był to okres ogromnego wpływu zachodniej myśli filozoficznej, wielu kapłanów zaczęło mieć wątpliwości co do tradycyjnych nauk buddyjskich, dotyczących prawa przyczyny i skutku, odrodzenia, czy Drogi wiodącej do stania się Buddhą. Kontrowersja i debata ta, zwana „Problemem Właściwej Wiary” (shōshin-mondai) stała się głośna w kręgach buddyjskich ówczesnej Japonii. Daiun Sogaku już wówczas stał się znany z obrony tych tradycyjnych podstaw buddyzmu.
W 1922 r. został opatem Hosshin-ji w Obamie oraz niedługo potem — świątyni Chigen-ji, w prefekturze Kioto. Obydwie te świątynie odbudował, przywracając im świetność i czyniąc je oficjalnymi miejscami treningu, miejscami medytacji (senmon-sōdō). Szczególnie Hosshin-ji, przez następnych 40 lat aż do czasu śmierci Daiuna w 1961 r., przyciągała mnichów i ludzi świeckich z całej Japonii. Zasłynęła z rygorystycznej praktyki, surowego klimatu i przenikliwej kontroli opata.
W 1937 r. rōshi Daiun zrezygnował z funkcji opata świątyni Chigen i osiadł w niewielkiej pustelni naprzeciw bramy klasztoru Hosshin, zwanej Kakushōken.