Etymologia nazwy góry Fudżi jest trudna do ustalenia. Przeważa pogląd, że zapis znakowy jest wtórny i ma charakter czysto fonetyczny (znaki zostały dobrane dźwiękowo, bez względu na ich znaczenie). W użyciu były zresztą różne warianty nazwy, jak np.: Fuji-no-takane (ふじの高嶺, „Wysoki Szczyt Fudżi”), Fuji-no-ne (ふじの嶺, „Szczyt Fudżi”), Fu-gaku (富岳, „Bogaty Szczyt” lub „Obfity Szczyt”).
Istnieje także legenda oparta na „Opowieści o zbieraczu bambusu”. Cesarz opuszczony przez księżycową księżniczkę Kaguya, rozkazał sługom zanieść list i eliksir nieśmiertelności, które otrzymał od niej, na wierzchołek najwyższej góry i tam je spalić. Dym z płonącego eliksiru unoszący się ponad szczytem góry spowodował, że ludzie nazwali ją 不死の山, Fushi-no-yama, gdzie fushi oznacza „nieśmiertelność”, „życie wieczne”. Z biegiem lat przyjęła się udźwięczniona wersja – Fuji.
Zdaniem niektórych badaczy, nazwa góry może pochodzić z języka ajnuskiego, od Fuchi – imienia bogini (kamuj) ogniaMichael Ashkenazi, Handbook of Japanese Mythology, ABC-CLIO Inc., Santa Barbara 2003, s. 192.Frederick Hadland Davis, Myths and Legends of Japan, Cosimo Inc., New York 2007, s. XIII..
Występująca w „Wielkim słowniku ortograficznym PWN” nazwa Fudżi-jama jest błędna.