Niezniszczone w czasie działań wojennych więzienie wznowiło działalność w 1945 po wycofaniu się Niemców z Warszawy. Do marca 1945 było zarządzane przez władze radzieckie, następnie przejęło je Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego. Zamordowano tu, w szczególności w okresie terroru stalinowskiego, wielu więźniów politycznych, których ciała chowano potajemnie m.in. na Służewie i przy murze cmentarza Komunalnego w tzw. kwaterze „Ł”. Naczelnikiem więzienia był wtedy Alojzy GrabickiMałgorzata Szejnert, Śród Żywych duchów, Aneks, Londyn 1990.. Szacunkowa liczba wykonanych wyroków okresu stalinowskiego przewyższa dwa tysiące osiemsetLista CZZK MS opracowana w 1989 r.. Liczba ofiar zmarłych w więzieniu – co oznacza głównie ich zamęczenie – nie jest do końca poznanaZob.M.Szejnert.. Po upadku stalinizmu zbrodnie badała Komisja Kazimierza Kosztirki, a w 1989 Ministerstwo Sprawiedliwości podjęło pracę nad odtworzeniem pełnej listy straconych.