Z Wilna w 1765 zabrano metrykę do Warszawy. Księgi oprawiono, skatalogowano i zintegrowano we wspólny system. Zgodnie z edyktem z 1793 miano ją przenieść na powrót na Litwę. Po rozbiorach ML przeniesiono do Rosji i składowano jako łup wojenny w Petersburgu. Rosja w 1799 przekazała niektóre z ksiąg metryki Prusom. Prusy z kolei przekazały je Księstwu Warszawskiemu w 1807. Księgi pozostałe, stanowiące większość ocalałego materiału przeniesiono do Moskwy.
Do dziś zachowało się około 600 ksiąg Metryki, która wciąż pozostaje w Rosji a jej księgi są przechowywane w Centralnym Państwowym Archiwum Akt Dawnych (, Centralnyj Gosudarstwiennyj Archiw Driewnich Aktow) w Moskwie. W warszawskim AGAD znajduje się część serii polskiej transkrypcji oryginalnych ksiąg oraz Summariusz Metryki Litewskiej za lata 1474–1751 odzyskany na mocy postanowień traktatu ryskiego.