Następnie odbył kurs aplikacyjny dla podporuczników marynarki w Kadrze Floty, a 15 grudnia rozpoczął służbę jako oficer nawigacyjny okrętu szkolnego ORP „Wilia”. Od 3 lutego 1939 roku był dowódcą plutonu w morskim dywizjonie lotniczym w Pucku.
8 maja 1939 roku wyznaczono go II oficerem broni podwodnej ORP „Błyskawica” w dywizjonie niszczycieli w Gdyni. W dniach 30 sierpnia – 1 września tego roku na pokładzie „Błyskawicy” brał udział w realizacji Planu „Peking”, czyli ewakuacji trzech niszczycieliOprócz ORP „Błyskawica” jeszcze OORP „Burza” i „Grom”. do Wielkiej Brytanii przed rozpoczęciem kampanii wrześniowej. Po przybyciu do Leith koło Edynburga „Błyskawica” rozpoczęła służbę patrolową wokół Wysp Brytyjskich. 9 września okręt wykonał jako pierwszy w II wojnie światowej atak na U-Boota. Na początku 1940 roku Andrzej Kłopotowski podpisał wraz z zastępcą dowódcy okrętu kpt. mar. Tadeuszem Gorazdowskim i innymi oficerami meldunek na pełniącego obowiązki dowódcę ORP „Błyskawica” kmdra ppor. Jerzego Umeckiego za nieudolne dowodzenie, w konsekwencji czego zarówno kmdr Umecki jak i kpt. Gorazdowski zostali zdjęci z okrętuWyrokiem Wojennego Sądu Morskiego z dnia 17 marca 1940 roku kmdr ppor.