28 marca „Sokół” rozpoczął służbę bojową, jednak pierwszy udany atak torpedowy miał miejsce dopiero siedem miesięcy później na Morzu Tyrreńskim28 października 1941 roku ORP „Sokół” uszkodził włoski krążownik pomocniczy „Citta de Palermo”.. 31 marca 1942 roku por. mar. Andrzej Kłopotowski został lekko ranny w wyniku nalotu. Do momentu poważnego uszkodzenia przez lotnictwo w marcu 1942 na Malcie, „Sokół” zatopił na Morzu Śródziemnym dwie włoskie jednostki pływająceByły to: transportowiec SS „Balila” (2 listopada 1941 roku) i szkuner SY „Giussepina” (12 lutego 1942 roku).. W trakcie remontu okrętu w Wielkiej Brytanii por. Kłopotowskiego skierowano 24 sierpnia na kurs dowódców okrętów podwodnych. Z dniem 12 grudnia 1942 roku objął funkcję zastępcy dowódcy okrętu w pierwszej załodze ORP „Dzik”ORP „Dzik” podobnie jak ORP „Sokół” był wydzierżawionym okrętem typu U. Otrzymały one później przydomek „Straszne Bliźniaki” (ang. „Terrible Twins”) w związku z zatopieniem na Morzu Śródziemnym łącznie około czterdziestu jednostek wroga.. Na pokładzie „Dzika” uczestniczył w konwojach i patrolach śródziemnomorskich, Operacji Husky oraz blokadzie Zatoki Genueńskiej, operując z Gibraltaru, Algieru, Malty i Bejrutu. W listopadzie 1943 roku dowodził okrętem w trakcie patrolu na Morzu EgejskimEtatowy dowódca kpt. mar.