Brał udział w światowych zjazdach Stowarzyszenia w 1975 i 1981 roku oraz w ostatnim zjeździe w 1989 roku.
W 1990 roku powrócił z żoną Barbarą do Polski i związał się blisko ze środowiskiem marynarskim. Początkowo mieszkał w Warszawie, a w połowie lat dziewięćdziesiątych przeniósł się do Gdyni. Awansował kolejno od komandora podporucznika do komandora. 16 maja 1996 roku prezydent Aleksander Kwaśniewski powołał kmdra Kłopotowskiego w skład Kapituły Orderu Wojennego Virtuti Militari. Był również członkiem Zarządu Stowarzyszenia Oficerów Marynarki Wojennej Rzeczypospolitej Polskiej oraz członkiem honorowym Bractwa Okrętów Podwodnych. Zmarł 13 września 2004 roku w Gdyni. Został pochowany na Cmentarzu Marynarki Wojennej na OksywiuW pogrzebie kmdra Andrzeja Kłopotowskiego uczestniczyli m.in. dowódca Marynarki Wojennej adm. floty Roman Krzyżelewski oraz kanclerz Kapituły Orderu Wojennego Virtuti Militari gen. bryg. w st. spocz. Stanisław Nałęcz-Komornicki..