W tym czasie wywalczył mistrzostwo i puchar Brazylii oraz mistrzostwo stanu Minas Gerais.
Olympique Lyon thumb|left|120px|Cris w barwach Olympique Lyon podczas meczu Ligi Mistrzów z Bayernem Monachium W sierpniu 2004 roku Cris podpisał kontrakt z Olympique Lyon, a francuski klub zapłacił za niego blisko trzy miliony euro. W nowym klubie brazylijski obrońca od razu wywalczył sobie miejsce w podstawowej jedenastce i stworzył duet środkowych obrońców ze swoim rodakiem Caçapą. Od początku swojej przygody z Lyonem Cris odnosił wiele sukcesów w rozgrywkach ligowych, regularnie grywał także w Lidze Mistrzów UEFAhttps://inside.fifa.com/en/news/footballs-expat-communities.. 28 maja 2005 roku obrońca Lyonu został wybrany Piłkarzem Miesiąca UNFP za maj. Brazylijczyk wyprzedził Mamadou Nianga i Mickaela Pagisa z RC Strasbourg. Pierwsze cztery sezony spędzone na Stade Gerland kończył sięgnięciem po tytuł mistrza Francji, oprócz tego jego gra wielokrotnie była wyróżniana przez takie czasopisma jak L'Équipe oraz France Football. Cris przedłużył swój kontrakt z ekipą „Les Gones” do 2011 roku, a Alain Perrin mianował go kapitanem drużyny. 11 sierpnia 2007 roku w meczu przeciwko Toulouse FC Brazylijczyk zderzył się z Johanem Elmanderem i zerwał więzadła w prawym kolanie.