W pierwszych latach po powstaniu Państwa Polskiego opublikował szereg artykułów okolicznościowych.
Był członkiem Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego we Lwowie. Występował również jako zdecydowany przeciwnik spożywania alkoholu, pełnił funkcję prezesa stowarzyszenia „Eleuterya.”
W 1884 na bazie gabinetu historii naturalnej Dybowski założył Muzeum Zoologiczne (noszące obecnie jego imię), do którego włączył swoje bogate zbiory przywiezione z Kamczatki, Bajkału, Wschodniej Syberii, południowej Rosji i Morza Kaspijskiego. W 1904 muzeum zostało wzbogacone unikalnym eksponatem – szkieletem krowy morskiej (Hydrodamalis gigas), podarowanym Dybowskiemu przez mieszkańców Wyspy Beringa. W 1923 otrzymał tytuł honorowego doktora medycyny Uniwersytet Jana Kazimierza we Lwowie (wyróżniony wówczas w gronie siedmiu weteranów powstania styczniowego). W tym samym roku otrzymał Nagrodę im. Jerzmanowskich. W 1928 otrzymał tytuł honorowego obywatela Lwowa (wręczony w 1929).
Pochowany na „górce powstańców styczniowych” na cmentarzu Łyczakowskim. Jego symboliczny grób znajduje się na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 284c wprost-2-16).
Dorobek naukowy