W roku 1723 Cocceji otrzymał stanowisko prezesa pruskiego Sądu Najwyższego (Kammergericht) w Berlinie, w roku 1727 został ministrem sprawiedliwości. Stworzył wtedy jednolitą praktykę sądownictwa dla państwa pruskiego z trzema instancjami sądów i uniezależnił sędziów od junkrów poprzez osadzenie ich na stałych etatach z określonym dokładnie wynagrodzeniem, co wywołało gwałtowne reakcje szlachty pruskiej i spowodowało odwołanie Samuela przez króla Fryderyka Wilhelma I ze stanowiska ministra (1739). Powrócił do łask królewskich za panowania Fryderyka Wielkiego. W marcu 1743 roku został mianowany pierwszym ministrem sprawiedliwości dla Śląska, a w roku 1747 Wielkim kanclerzem Prus (była to funkcja w resorcie sprawiedliwości, nie odpowiadała premierowi) i nadał mu 1749 tytuł baronowski jako Samuel Freiherr von Cocceji, porzucając dodatek von Cocq. Największymi osiągnięciami Coccejiego były przystosowanie prawa śląskiego do prawa pruskiego po zdobyciu krainy przez Fryderyka Wielkiego i stworzenie jednolitego kodeksu prawnego dla całych Prus – Cocceji opublikował swój projekt w latach 1747–1749 (Projekt des codicis Fridericiani Marchiani, Corpus Iuris Fridericianum). Po paru dziesięcioleciach debat, po wprowadzeniu pewnych zmian, przyjęto projekt w roku 1785.