Do uczestnictwa w barażach zakwalifikowała się Unia Janikowo, lecz poległa w nich w dwumeczu z Piastem Gliwice.
Drużyny
Objaśnienia: Unia Janikowo przegrała baraże o awans do II ligi ze Stasiakiem Opoczno. Lech II Poznań wygrał baraże o awans do III ligi z Jarotą Jarocin. W związku z wycofaniem się Gwardii Koszalin po zakończeniu poprzedniego sezonu, zorganizowane baraże uzupełniające pomiędzy 4 drużynami z 4 województw. W ich wyniku awans uzyskała Pogoń II Szczecin. W związku z wycofaniem się drużyny Aluminium Konin (spadkowicza z II ligi) utrzymanie uzyskała Obra Kościan. Chemik/Zawisza Bydgoszcz zmieniła nazwę na Chemik Bydgoszcz.
Tabela końcowa
||rowspan=11|
Baraże o II ligę
Zwycięzca: Piast Gliwice (bramki na wyjeździe)
Sezon 2003/2004
Drużyny
Objaśnienia: Ze względu na rezygnację Jagiellonki Nieszawa z awansu do III ligi, jej miejsce zajął Kujawiak Włocławek. Mieszko Gniezno wygrało baraże o awans do III ligi z mistrzem gr.