XVI–XIX wiek thumb|Rycina przedstawiająca cytadelę i pałac władcy Chanatu Karabachskiego w Şuşy Na początku XVI wieku obszar Księstwa Chaczen został zdobyty przez Persję Safawidów. W tym czasie zamieszkały przez najsilniejsze politycznie i kulturowo społeczności ormiańskie teren Górskiego Karabachu został podzielony na pięć częściowo niezależnych księstw zwanych melikdomami. W 1724 roku na mocy traktatu z Konstantynopola duża część obszaru Persji została podzielona między Imperium Rosyjskie i Imperium Osmańskie, a obszar Górskiego Karabachu wraz z innymi kaukaskimi prowincjami znalazł się w posiadaniu tego drugiego państwa. Dwanaście lat później Górski Karabach został podbity przez perskiego władcę Nadira Szaha Afszara, któremu pomogli w tym przywódcy ormiańskich melikdomów. Po jego śmierci, w 1747 roku lokalny wódz turecki Panah Ali-han przejął kontrolę nad regionem i trzy lata później założył na jego terenie Chanat Karabachski, formalnie podległy Persji.