Na terenie Rezerwatu Góra Ślęża stwierdzono 12 gatunków paprotników (2 gatunki skrzypów i 10 gatunków paproci), 181 gatunków nasiennych (3 gatunki szpilkowych, 146 gatunków dwuliściennych i 32 gatunki jednoliściennych).
paprotniki Pteridophyta skrzypy Sphenopsida
skrzypowce Equisetales skrzypowate Equisetaceae skrzyp leśny Equisetum sylvaticum skrzyp polny Equisetum arvense
paprocie Filicopsida paprotnikowce Filicales zachylnikowate Thelypteridaceae zachyłka oszczepowata Phegopteris phegopteris zanokcicowate Aspleniaceae zanokcica północna Asplenium septentrionale zanokcica murowa Asplenium ruta-muraria wietlicowate Athyriaceae wietlica samicza Athyrium filix-femina paprotnica krucha Cystopteris fragilis paprotnikowate Aspidiaceae nerecznica samcza Dryopteris filix-mas nerecznica krótkoostna Dryopteris carthusiana nerecznica szerokolistna Dryopteris dilatata cienistka trójkątna Gymnocarpium dryopteris paprotkowate Polypodiaceae paprotka zwyczajna Polypodium vulgare
nasienne Spermatophyta szpilkowe Pinopsida
szpilkowce Pinales sosnowate Pinaceae jodła pospolita Abies alba świerk pospolity Picea abies modrzew europejski Larix decidua
dwuliścienne Dicotyledones wierzbowce Salicales wierzbowate Salicaceae wierzba iwa Salix caprea topola osika Populus tremula