W spisanej w 1529 Księdze dochodów beneficjów diecezji krakowskiej określono Baczyn jako opustoszały. Przyczyną takiego stanu była najprawdopodobniej zaraza czyli tzw. morowe powietrze, które w latach 1496–1526 przechodziło przez Kraków wielokrotnie. W 1581 według Rejestru poborowego był znów zamieszkany przez: „2 zagrodników bez roli piekarza i dudę w części kasztelana Jana Tęczyńskiego oraz 2 zagrodników bez roli w części Stanisława Młoszowskiego”.
W 1629 w Rejestrze poborowym odnotowano w Baczynie: „2 zagrody bez ról i 1 komornika bez bydła w części Hieronima Przyłęckiego oraz 1 zagrodę z rolą w części kasztelana Jana Tęczyńskiego”. W latach 1641–1650 w Baczynie mieszkały rodziny: Dukałów, Szewczyków, Janeczków, Trześniaków, Koników i Smolików. W 1712 gospodarzami byli: Jan Cudak, Szczepan Trześniak, Stanisław Szewczyk, Jan Dula i Jan Korbel; a w 1756: Andrzej Dukała, Wojciech Lipiarczyk (leśniczy), Paweł Bełkotek, Matus Paździorek, Andrzej Szczuka, Tomasz Orlik, Kazimierz Materla i Jan Korbel (syn poprzedniego).