Po niedługim czasie przeniósł się do Warszawy, gdzie 3 grudnia 1940 r. został mianowany Delegatem Rządu RP na Kraj. Funkcję objął 14 grudnia, pracując pod przybranym nazwiskiem Celestyna Radwańskiego, rzekomego emerytowanego profesora, zatrudnionego jako wicedyrektor Kontroli Miejskiej w Zarządzie Miejskim w Warszawie. Nosił pseudonimy „Wartski”, „Górski”, „Wrzos” i „Profesor”. W trakcie sporów pomiędzy pionem cywilnym i wojskowym państwa podziemnego stał na stanowisku, że władza wojskowa powinna być podporządkowana rozbudowanej administracji cywilnej. Ten pogląd sprawił, że tworzył departamenty Delegatury istniejące obok aparatu cywilnego ZWZ-AK. Na skutek pogarszającego się zdrowia (m.in. choroby serca i żółtaczka), Ratajski złożył dymisję ze stanowiska, przyjętą 5 sierpnia 1942 r. przez premiera gen. Władysława Sikorskiego.