Na początku XXI wieku zrewolucjonizowano także system opłat za przejazdy, uruchamiając w 2002 roku opłaty przez SMS, zaś w 2003 roku zastępując papierowe bilety okresowe kartą elektroniczną, znaną jako KOMKarta. W 2002 roku podjęto także próbę zwiększenia bezpieczeństwa w pojazdach oraz zabezpieczenia ich przed wandalami, wprowadzając stopniowo do pojazdów MPK monitoring.
24 czerwca 2008 roku Rada Miasta Poznania podjęła uchwałę, w wyniku której od 1 października 2008 roku doszło do zmian w funkcjonowaniu komunikacji na terenie miasta. MPK zostało pozbawione funkcji organizatora transportu zbiorowego i zarządcy infrastruktury torowo-sieciowej oraz przystanków, pętli i dworców autobusowych. Zadania te oraz sprzedaż i kontrolę biletów przejęła nowo utworzona jednostka budżetowa Zarząd Transportu Miejskiego. MPK jako operator wewnętrzny gminy zajmuje się natomiast wyłącznie prowadzeniem przejazdów na podstawie umowy zawartej z miastem.