W niewoli Otto Kretschmer przebywał najpierw w obozie jenieckim w Szkocji, a następnie w Kanadzie. Podczas pobytu w niewoli pełnił funkcję starszego obozu. Był założycielem tajnej grupy wywiadowczej o kryptonimie "Lorient", która dostarczała admirałowi Karlowi Dönitzowi m.in. wiadomości, kto zatopił U-99, plany obozów jenieckich oraz informacje wojskowe. Od jesieni 1942 roku wraz z 3 innymi dowódcami U-Bootów planował ucieczkę z obozu. W tym celu do wybrzeży kanadyjskich został skierowany okręt podwodny U-536. Jednakże krótko przed terminem ucieczki została ona wykryta, zaś Otto Kretschmer aresztowany (patrz: operacja "Kiebitz"). Po 6 latach pobytu w obozie jenieckim został zwolniony jako jeden z ostatnich oficerów Kriegsmarine.
Po wojnie służył w Bundesmarine; w latach 1965-1969 pełnił funkcję dowódcy sił NATO COMNAVBALTAP.