W tym czasie był jednym z najpotężniejszych ludzi w kraju, król mianował go kanclerzem wielkim oraz hetmanem wielkim koronnym. Wkrótce stał się jednym z najbogatszych polskich magnatów. Wspierał politykę Batorego przeciwną Habsburgom i imperium osmańskiemu oraz opowiadał się po stronie Batorego w jego dążeniach do wzmocnienia władzy królewskiej i osłabienia magnaterii. Choć nie miał większego doświadczenia wojskowego, wziął na siebie część przygotowań do wojny z Rosją w latach 1579–1581 (zaczął studiować traktaty z dziedziny wojskowości i poznawać organizację różnych armii niedługo przed wyprawą), podczas której zdobył Wieliż i Zawołocze. W zastępstwie króla dowodził całą polską armią podczas oblężenia Pskowa. W 1584 przyczynił się do ujęcia i stracenia banity Samuela Zborowskiego, co sprawiło, że stracił popularność w masach szlacheckich, a nawet rozpoczęto przeciw niemu w 1585 sąd sejmowy, który zajął się analizą legalności jego działań.
Lata późniejsze: w opozycji do tronu