Po wybuchu II wojny światowej oraz postanowieniu rządów Polski i Francji o formowaniu armii polskiej we Francji zaangażował się jako ochotnik i przyjechał do Lille, by wesprzeć emigrantów polskichDziennikarze zapytali Jana Kiepurę, czy przestanie występować na scenie, a on odpowiedział: «Teraz jestem tylko żołnierzem, żołnierzem polskim, a moja żona, Mártha Eggerth będzie służyć w Polskim Czerwonym Krzyżu. Oboje wypełniamy swój obowiązek». „Grand Écho du Nord de la France” z 10 września 1939... Wkrótce wyjechał do USA, gdzie prowadził akcję propagandową na rzecz swojego kraju – podczas występów często śpiewał polskie pieśni patriotyczne, chcąc skierować uwagę amerykańskiej publiczności na losy Polaków, poza tym zarobione dzięki koncertom pieniądze przeznaczał na wsparcie kraju. Pozostając za oceanem, śpiewał na scenach Civic Opera w Chicago (1940–1944) i Metropolitan Opera w Nowym Jorku (1941–1942), a także w Kanadzie (Montrealu), krajach Ameryki Łacińskiej i Południowej, m.in. w Teatro Colón w Buenos Aires (w sztuce Manon Jules Masseneta). Ponadto występował u boku żony jako hrabia Daniło w Wesołej wdówce w Majestic Theatre na Broadwayu. Spektakl cieszył się dużym powodzeniem wśród publiczności – małżonkowie do 1946 zagrali ponad 800 przedstawień.