Ostatnią przeprowadzką kierował Feliks Załachowski – przedwojenny dyrektor placówki, który ostatnie lata wojny spędził w obozie koncentracyjnym, powracając na swoje stanowisko we wrześniu 1945.
Początkowo, by nadrobić czas wojny, naukę dla „opóźnionych” roczników realizowano w trybie przyspieszonym: materiał dwuletniego liceum omawiano w ciągu jednego roku. Wówczas do szkoły uczęszczali nawet 25-latkowie. Pierwsze powojenne egzaminy maturalne odbyły się w dniach 4–9 kwietnia 1945, kolejne w lipcu 1945 oraz styczniu i czerwcu 1946. W powojennym Marcinku istniały trzy profile klas: humanistyczny, matematyczno-fizyczny oraz matematyczno-przyrodniczy. W roku szkolnym 1945/46 do szkoły uczęszczało 610 osób. Od tego czasu większość społeczności uczniowskiej stanowiła młodzież z rodzin inteligenckich. W latach powojennych nie przykładano większej wagi do ubioru uczniów. Obowiązkowy mundurek próbowano nieskutecznie przywrócić jeszcze pod koniec lat 50. XX wieku. 30 października 1945 reaktywowano Błękitną XIV, a 7 listopada 1946, w setną rocznicę śmierci Karola Marcinkowskiego, ufundowano nowy sztandar szkoły. Po rozwiązaniu ZHP w 1949 roku, ponownie reaktywowano szczep dopiero w styczniu 1957. W 1967 rozpoczęto tradycję corocznych, odbywających się w ostatnią sobotę września, rajdów do Dąbrówki Ludomskiej – miejsca śmierci patrona. Od 1969 ich organizacją zajmowała się Błękitna XIV.