skromna dekoracja nawiązywała do funkcji gmachu – utworzono tu urząd celny.

W ramach prowadzonych do 1799 prac budowlanych kościół podzielono na trzy kondygnacje, które podzielono ścianami działowymi. W ścianach wykuto nowe okna, a w centrum gmachu – nie do końca pokrywającym się z osią dawnego kościoła – dodano ryzalit z trójkątnym przyczółkiem z napisem Si vis pacem para bellum.

Po likwidacji Rzeczypospolitej Krakowskiej gmach przeznaczono na pocztę, a gdy tę przeniesiono na Wielopole, znalazły tu siedzibę władze wojskowe. W budynku znajdowała się komenda I Korpusu Austro-Węgier, m.in. działy odpowiedzialne za przygotowanie terenu podległego korpusowi do operacji wojennych i za organizację wojska (np. wydział fortyfikacyjny, sądowniczy, ewidencyjny). W czasie II Rzeczypospolitej budynek był w użytkowaniu Wojska Polskiego i mieściło się w nim Dowództwo Okręgu Korpusu Nr V. Po II wojnie światowej przeznaczono budynek na mieszkania.