Międzywojnie Doktoryzował się w 1924 roku. Po zamachu majowym w 1926 wyraźnie zerwał z dawnymi towarzyszami pracy i Piłsudskim i związał się z Obozem Wielkiej Polski. Po rozwiązaniu OWP przez władze wstąpił w 1933 do Stronnictwa Narodowego. W 1935 został wybrany do Zarządu Okręgowego SN w Poznaniu, w którym kierował Wydziałem Propagandy i Wychowania Politycznego. W latach 1935–1939 był członkiem Komitetu Głównego Stronnictwa w Warszawie. W Stronnictwie należał do popieranej przez Romana Dmowskiego tzw. frakcji młodych (z Kazimierzem Kowalskim i Jędrzejem Giertychem), sprzeciwiającej się wszelkim kompromisom z sanacją.

Autorzy, wspominający o działalności Karola Stojanowskiego, zgodnie twierdzą, że jego poglądy były antyżydowskie lub antysemickie.

Działalność wojenna Po wybuchu II wojny światowej i zajęciu Poznania przez Niemców, Stojanowski ścigany był listem gończym Gestapo, opuścił miasto już na początku września 1939 i schronił się w Warszawie. Około 13 października 1939 założył z Janem Matłachowskim Narodowo-Ludową Organizację Wojskową, skupiającą przedwojennych zwolenników frakcji młodych SN. Organizacja miała charakter polityczno-wojskowy, jednak w połowie 1940 ograniczono jej działalność do akcji propagandowo-wydawniczych. NLOW włączyło się w 1942 roku do rozłamowej części SN.