Zajmuje również skrawki powiatów: nakielskiego, inowrocławskiego i aleksandrowskiego. W całości administrowana jest przez Regionalną Dyrekcję Lasów Państwowych w Toruniu, w nadleśnictwach: Bydgoszcz, Solec Kujawski, Cierpiszewo i Gniewkowo.
Według regionalizacji przyrodniczo-leśnej Puszcza obejmuje tereny położone w III Krainie Wielkopolsko-Pomorskiej, w 5 dzielnicy Kotliny Toruńsko-Płockiej.
Dzieje puszczy thumb|Pozostałości DAG Fabrik Bromberg w Puszczy Bydgoskiej thumb|Cysterna na byłym poligonie Kabat thumb|Radiowe Centrum Nadawcze I Programu Polskiego Radia Kompleksy leśne ciągnące się na południe od Bydgoszczy, od Nakła na zachodzie po Toruń na wschodzie, należały do połowy XIV wieku do książąt kujawskich, a następnie do królów polskich. Były to tzw. Bydgoskie Bory Królewskie. Administrację nad większą częścią Puszczy sprawował bydgoski wójt. W XV–XVII wieku wójtostwo bydgoskie stanowiło część uposażenia bydgoskiego starostwa. Dopiero od 1710 r. starostwo i wójtostwo były wydzierżawiane oddzielnieŁbik Lech: Dziedziczne wójtostwo – ważny epizod z dziejów średniowiecznej Bydgoszczy. [w.] Kronika Bydgoska XVIII 1996. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy 1997.