numerem przez Calgary Flames, co było możliwe dzięki wcześniejszemu oddaniu przez Flames Kenta Nilssona do Minnesota North Stars. Zawód w Calgary związany z odejściem Nilssona odbił się również na transferze Nieuwendyka, co dobitnie zostało pokazane poprzez nagłówek w lokalnej gazecie brzmiący „Joe Who?” („Kim jest Joe?”), kwestionujący ruchy w kadrze zespołu.
Powracając na uniwersytet na sezon 1985–86 Joseph Nieuwendyk postanowił porzucić lacrosse na rzecz hokeja. Po zdobyciu 42 punktów w 21 meczach został wybrany do pierwszej drużyny All-Star Eastern College Athletic Conference w 1985–86 i najlepszej szóstki NCAA All-American konferencji wschodniej. W ostatnim roku w Cornell został wybrany najbardziej wartościowym zawodnikiem drużyny i ze zdobytymi 52 punktami był najlepiej punktującym zawodnikiem konferencji. Ponownie wybrano go do drużyny All-Star i NCAA All-American. Był też finalistą w walce o nagrodę Hobeya Bakera dla najlepszego hokeisty spośród wszystkich instytucji zrzeszonych w NCAA.