Drugą żoną była Zofia Zebrzydowska (zm. 1637), z którą miał córkę Teresę (zm. 1650) poślubioną przez Macieja Smoguleckiego w 1636, a w 1648 przez Olbrachta Czerskiego – kasztelana chełmińskiego.
Kariera i obrona ojczyzny Prawdopodobnie kształcił się we Włoszech. W 1589 król Zygmunt wysłał go jako posła na sejm generalny pruski, odbywany w Malborku. W 1590 został dworzaninem królewskim i trzy lata później podróżował z królem do Szwecji. Dorobił się znacznej fortuny, w 1602, pożyczył Skarbowi Państwa 24 tysiące złotych pod zastaw klejnotów koronnych.
Był wielokrotnie posłem. W 1603 został podstolim koronnym, a w 1610 starostą osieckim. Stanisław Niemojewski był autorem pamiętnika z podróży do Moskwy, odbytej w czasie trwania Dymitriady. Był świadkiem zaślubin Maryny Mniszchówny z carem Rosji Dymitrem Samozwańcem, obalenia cara, jak i prawie dwa lata internowania w Księstwie Moskiewskim. W Moskwie znalazł się jako wysłannik siostry królewskiej Anny Wazówny do Dymitra Samozwańca. Pośredniczył w sprzedaży carowi części kolekcji szlachetnych kamieni należących do Anny. W trakcie powstania Wasyla Szujskiego aresztowany i dopiero po dwu latach w 1608 r. powrócił do Polski. Jako poseł sejmowy popierał m.in. plany wojny interwencyjnej w Moskwie. W 1615 otrzymał starostwo rogozińskie i kasztelanię elbląską.