14 maja 2006 wyemitowano ostatni odcinek Zwariowanego świata Malcolma. Dziesięć dni później, 24 maja, Frankie pojawił się w horrorze Stay Alive. Tego roku stwierdził, że nie będzie już grał tych typów postaci co dotychczas i dodał „Nie bałem się dorosłości aż do zeszłego roku. Zacząłem myśleć o dorastaniu, byciu dojrzałym i to mnie przestraszyło. Mam nadzieję, że w mojej karierze dobrze się poukłada. A jeśli nie – widocznie nigdy nie miało być dobrze”Mimo planów odpoczynku od występów, w maju 2006 wziął udział w zdjęciach do komedii dla dorosłych Następny krok (Extreme Movie) o grupie amerykańskich nastolatków, zdobywających swoje pierwsze miłosno-seksualne doświadczenia. Pierwotnie film miał trafić do kin dystrybucją Dimension Films w 2007, ostatecznie jednak został wydany jedynie na DVD w lutym 2009.
Pod koniec 2007 wystąpił w jednym z odcinków dramatu kryminalnego telewizji CBS Zabójcze umysły. W grudniu zagrał Buddy’ego Holly w komedii muzycznej Idź twardo: Historia Deweya Coxa (Walk Hard: The Dewey Cox Story, 2007). W 2008 rozpoczął pracę nad filmem z Missy Eliott i Brianną Perry, który mimo zapowiedzi nigdy się nie ukazał.
W 2011 Muniz wcielił się w rolę superbohatera w rodzinnym filmie akcji Pizza Man.