W 2007 r. Frankie przeniósł się do bardziej wymagającej Champ Car Atlantic Series i wziął udział w 12 wyścigach w sezonie. Jego najlepszym zajętym miejscem było dziewiąte. Łącznie zdobył 41 punktów (22.miejsce), wykonał 351 okrążenia i wygrał 17 000 dolarów. W styczniu 2007 ukończył Sebring Winter National race jako drugi. Rok po tym podpisał umowę ze zwycięzcą Atlantic Championship – Pacific Coast Motorsports, którego celem było zakończyć sezon w pierwszej dziesiątce. Ostatecznie zajął jedenaste miejsce. Pod koniec sezonu 2008 Muniz zdobył Jovy Marcelo Award – nagrodę ustanowioną z inicjatywy kierowców dla upamiętnienia zwycięzcy Atlantic Championship w 1991 r. Jovy zginął podczas przygotowań do wyścigu Indianapolis 500 1992. W 2009 r. Frankie dołączył do Team Stargate Worlds i w każdym z rozegranych wyścigów znalazł się w pierwszej dziesiątce. Jego najlepszym wynikiem było 4.miejsce na Miller Motorsports Park. Sezon zakończył jednak przed ostatnimi dwoma wyścigami z powodu operacji nadgarstka.
W 2011 Muniz powrócił do Toyota Pro/Celebrity Race i po starcie z 15. zajął 4.miejsce.