Ołtarze boczne z początku XVIII w.

Historia Niektórzy historycy uważają, że świątynia w Gutkowie to najstarszy olsztyński kościół. Z opisu zabytku, który przygotowała Joanna Derewońko-Milewicz, wynika, że powstał w latach 1375–1400. Długi czas służył duszpasterstwu trędowatych, którym nie wolno było wejść w obręb murów miejskich. Z tego czasu zachował się nawet ślad po okienku w murze, przez które podawano chorym komunię.

3 lutego 1807 roku z kościelnej wieży w Gutkowie cesarz Napoleon Bonaparte dokonał obserwacji terenu przed bitwą pod Olsztynem.

Odkrycia konserwatorskie We wrześniu 2007 r. rozpoczęły się badania konserwatorskie prowadzone pod kierunkiem Justyny Dzieciątkowskiej. Okazało się, że pod współczesnym tynkiem kryją się średniowieczne malowidła. Jest to sensacyjne znalezisko przede wszystkim dlatego, że zachował się cały układ dekoracji, nie tylko w okolicy ołtarza, ale i w bocznych częściach kościoła.