kupując mu willę Marysin, do której małżonkowie wprowadzili się w 1923.
thumb|upright|Portret pędzla ojca mały|Karykatura Malczewskiego autorstwa Kazimierza Sichulskiego, 1923 r. Rafał Malczewski był przyjacielem Witkacego, Karola Szymanowskiego, Kornela Makuszyńskiego, Iwaszkiewiczów oraz wielu innych wybitnych artystów i intelektualistów ówczesnych czasów. W 1932 wstąpił do Stowarzyszenia Artystów Polskich „Rytm”. Był projektantem scenografii w Teatrze Formistycznym w Zakopanem.
W 1938 w nowym gmachu Muzeum Narodowego w Warszawie pozostawił część swoich prac (kilka lat wcześniej, ze względu na trudną sytuację materialną, sprzedał do warszawskiego muzeum całą odziedziczoną spuściznę po ojcu). W 1939 po wybuchu II wojny światowej, wraz z towarzyszącą mu Zofią Mikucką, uciekł przez Słowację, Budapeszt, Wenecję do Paryża. Tu uzyskał pomoc materialną z ambasady Polski. W połowie 1940 przez Hiszpanię udał się do Portugalii, gdzie spędził 4 miesiące. Na początku 1941 roku przeniósł się do Brazylii. Przebywał tam prawie dwa lata. Początkowo mieszkał w Rio de Janeiro, gdzie znalazł nabywców na swoje obrazy. Malował techniką akwareli widoki Rio de Janeiro i Kurytyby oraz krajobrazy Parany. W 1942 roku przeniósł się do Kurytyby, do swojej kuzynki Marii Bochdan-Niedenthal.