Przy Stawce działał Komitet stałych doradców w składzie: Nikołaj Watutin, Nikołaj Wozniesienski, Nikołaj Woronow, Andriej Żdanow, , Kirył Miereckow, Artiom Mikojan, Borys Szaposznikow i inni. Stawka wnosiła zmiany do struktury i organizacji sił zbrojnych, prowadziła planowanie kampanii i operacji strategicznych, stawiała zadania frontom i flotom, kierowała ich działaniami, uzgadniała działania i współdziałanie sił zbrojnych ZSRR i innych państw sojuszniczych, organizowała współdziałanie pomiędzy strategicznymi zgrupowaniami i związkami operacyjnymi sił zbrojnych i partyzantów. Stawka dysponowała rezerwami, które przydzielała frontom, rozdzielała zaopatrzenie, prowadziła kontrolę i analizę działań.
Organem wykonawczym Stawki był Sztab Generalny Sił Zbrojnych ZSRR, zarządy ministerstwa Obrony i ministerstwa Floty Wojennej. Stawka wypracowała w czasie wojny system dwustopniowego kierowania: Stawka – front (flota). W początkowym okresie wojny był system trzystopniowy: Stawka – Naczelny Dowódca kierunku – front. Trzystopniowy system był zdejmowany w miarę stabilizacji na frontach i doskonalenia dowodzenia frontami. W 1945 roku zatwierdzone zostało stanowisko Naczelnego Dowódcy na Dalekim Wschodzie, który kierował działaniami przeciwko Japonii. W tym wypadku trójstopniowy system spełnił swoją rolę.