W latach 50. XX wieku dużą ilość słodkiej wody z rzeki Jarkon skierowano do Krajowego Systemu Wodnego (hebr. המוביל הארצי, HaMovil HaArtzi). Woda jest pobierana głównie w górnym biegu rzeki, w rejonie wzgórza Tel Afek. Spowodowało to poważne zmniejszenie ilości słodkiej wody w rzece, której miejsce stopniowo zajmowały ścieki. Z tego powodu nastąpiła degradacja naturalnych siedlisk oraz zagłada wielu gatunków fauny i flory. Wzrost ilości ścieków pochodzenia rolniczego i miejskiego pogorszył sytuację, poprzez stworzenie warunków do nadmiernego rozmnożenia się alg. Szczególnie groźnym okazało się rozmnożenie populacji ślimaków nasadoocznych, które przyczyniły się do rozwoju chorób pasożytniczych z grupy Schistosomatoza.
Poziom zanieczyszczeń zmusił władze do podjęcia działań na rzecz ratowania rzeki Jarkon. Wybudowanie nowoczesnych oczyszczalni ścieków w Hod ha-Szaron i Ramat ha-Szaron przyczyniło się do poprawy jakości wody. Pogłębiono koryto rzeki i przywrócono pierwotny przepływ wody, zmniejszając ilość wody odprowadzanej do celów irygacji upraw rolniczych na pustyni Negew. Podwyższono brzegi oraz podjęto działania mają na celu utrzymanie równowagi lokalnego ekosystemu, opartego na szkodnikach przyjaznych dla środowiska i naturalnych biologicznych metodach regulacyjnych.