W 1260 r. wybuchło kolejne, II powstanie pruskie, w tym także roku bp Anzelm wydał dekret erekcji kapituły warmińskiej. Po uciążliwym oblężeniu w 1261 r. dowodzonym przez wodzów pruskich, Warmijczyka Glappo oraz Auktumo z Pomezanii, Lecbarg wrócił do pierwszych właścicieli. W 1274 r. osada powróciła do rąk Krzyżaków.
Trzeci rezydujący tu biskup warmiński, Eberhard z Nysy na Śląsku, nadał 12 sierpnia 1308 r. prawo miejskie lokacji chełmińskiej. Fakt, iż założyciel miasta pochodził ze Śląska wpłynął na wygląd miasta. Do nowo powstałego miasta napływali osadnicy niemieccy i polscy ze Śląska właśnie.
Budowę zamku rozpoczęto w widłach Łyny i wpadającej do niej Symsarny, a miasta na przeciwległym ciasnym półkolu Łyny. Jeszcze w XIV w. wybudowano ratusz, kościół i szpital. Pierwszy drewniany kościół wyświęcono w 1315 r. W drugiej połowie XIV w. zaczęto otaczać miasto murami z basztami i bramami.
Już ok. 1390 r. pomyślano o budowie wodociągu, który działał do 1904 r. Wszystko to miasto zawdzięczało Janowi z Miśni, który w 1350 r. wybrał miasto jako siedzibę dla biskupów warmińskich. W tym także roku rozpoczął on budowę murowanego zamku. Tutaj skupiła się centralna administracja biskupstwa, stanowiono prawa, odbywano sądy;