Jako pierwszy książę w historii osiadł na stałe w Vaduz.
Pod wpływem Franciszka Józefa udało się porozumieć dwóm najważniejszym partiom kraju – Unii Patriotycznej i Postępowej Partii Obywatelskiej. W wyborach do Landtagu w 1938 roku wystawiona został wspólna lista, dzięki czemu naziści nie dostali się do parlamentu, a władzę sprawował rząd koalicyjny. Na początku panowania wizytował w Radzie Federalnej Szwajcarii w Bernie oraz w Berlinie, gdzie spotkał się z Adolfem Hitlerem. Po wybuchu II wojny światowej książę ograniczył swoją działalność dyplomatyczną, a skupiał się na budowaniu jedności wśród Liechtensteińczyków, aby zapewnić krajowi niezależność. Wygłaszał liczne przemówienia pokrzepiające, ale także pod jego wpływem Landtag ustanowił dzień 15 sierpnia Świętem Narodowym Liechtensteinu. Ponadto książę przedłużył kadencję parlamentu na czas nieokreślony, aby zapobiec dotarciu do władzy nazistów.
7 marca 1943 roku poślubił Georginę von Wilczek i był to pierwszy ślub monarchy, który odbył się w Liechtensteinie i stanowił ważne wydarzenie pokrzepiające Liechtensteińczyków. Miał wraz z nią pięcioro dzieci: