Pociski pierwszej wersji RGM-84A posiadały składane powierzchnie sterowe i stabilizujące, które rozkładały się natychmiast po starcie.
Pociski przeznaczone do wystrzeliwania z okrętów podwodnych (UGM-84) zamykano w specjalnych kontenerach odpalanych z wyrzutni torpedowych, które po osiągnięciu powierzchni wody uwalniały pocisk Harpoon.
Warianty pocisków Harpoon UGM-84B – wersja pocisku przeznaczona do wystrzeliwania z okrętów podwodnych brytyjskiej Royal Navy. Oznaczenie brytyjskie pocisku to GWS-60. Charakterystyczną cechą pocisku była możliwość lotu na bardzo niskim pułapie, prawie nad powierzchnią wody. Planowano produkcję analogicznych wersji okrętowych RGM-84B i lotniczych AGM-84B, ale żadnej z tych wersji nie zbudowano. xGM-84C – pociski AGM-84C, RGM-84C i UGM-84C należące do grupy pocisków Harpoon Block 1B. Charakteryzowały się niższym pułapem lotu tak jak przeznaczone dla Royal Navy UGM-84B, oraz brakiem możliwości ataku od góry w trybie pop-up. Pierwsze pociski tego Blocku wprowadzono do uzbrojenia w czerwcu 1982 roku. xGM-84D – pociski AGM-84D, RGM-84D i UGM-84D należące do grupy pocisków Harpoon Block 1C. Pociski tej grupy miały zwiększony do 220 km zasięg dzięki zastosowaniu innego paliwa dla silnika odrzutowego. Tryb ataku mógł być wybrany pomiędzy pop-up a atakiem przy powierzchni wody.