Uroczysta proklamacja utworzenia tego rezerwatu miała miejsce 17 lipca 1932 na terenie przed Czerwonym Klasztorem. Równocześnie ogłoszono utworzenie pierwszego w Europie Międzynarodowego Parku Przyrody. W celu usprawnienia współpracy międzynarodowej powołano Komisję Parku Narodowego (Polska) oraz Komisję Słowackiego Rezerwatu (Czechosłowacja), które w roku 1934 wspólnie ustaliły ramy dalszej współpracy międzynarodowej. W okresie od 27 listopada 1938 do 1 września 1939 obszar Słowackiego Rezerwatu był administrowany przez polski Pieniński Park Narodowy (wiązało się to z przyłączeniem w granicę Polski wsi Leśnica) (429 m).
Po II wojnie światowej Słowacki Rezerwat Przyrodniczy utworzono ponownie rozporządzeniem Ministerstwa Rolnictwa i Leśnictwa z dnia 13 grudnia 1957 roku. Nosił on wówczas nazwę Pieniński Rezerwat Przyrodniczy, a administracyjnie podporządkowany był Tatrzańskiemu Parkowi Narodowemu (TANAP-owi). W roku 1958 przedstawiono pierwszy projekt utworzenia Pienińskiego Parku Narodowego (PIENAP-u). Pieniński Park Narodowy powołano do życia rozporządzeniem Słowackiej Rady Narodowej z dnia 16 stycznia 1967. Początkowo miał powierzchnię 2125 ha, a jego otulina 52 000 ha.