9 maja 1974 r. Neil Anderson oblatał drugi prototyp YF-16, oznaczony numerem USAF 72-1568. Początkowo samolot latał z ograniczeniami silnika, jednak gdy problem został rozwiązany, można było przystąpić do szerszego cyklu prób. Poza próbami samego samolotu, na drugim egzemplarzu podjęto też testy różnych schematów malowania kamuflażowego, które miało następnie zostać zaadaptowane w samolotach seryjnych. W pierwszej wersji takiego malowania cały samolot pokryto jasnoniebieskimi łatami na wszystkich powierzchniach. Okazało się jednak, że malowanie takie jest jeszcze bardziej widoczne z daleka niż "kolorowy" schemat malowania stosowany początkowo na obu prototypach. Później samolot przemalowano w jednolity szary kolor, który o wiele lepiej maskował maszynę w różnych warunkach. Malowanie seryjnych F-16 miało maskować je głównie na tle ziemi i nieba na średnich wysokościach, typowych dla ich przewidywanego działania. Na tych wysokościach ziemia przybiera jednolity szaro-bury kolor, zaś niebo ma kolor szarobłękitny, często występuje też zachmurzenie. Ostatecznie dla samolotów seryjnych wybrano więc jeszcze inny schemat malowania, złożony z dwóch odcieni koloru szarego, o czym dalej.